Vejam o 2º comentário. Ao que parece é uma melhor maneira de resolver o problema. Ainda não testei.
____________________________________________________________________
Bem, quando o eclipse se passa dos carretos às vezes são precisas medidas drásticas.
Num determinado projecto web, depois de configurar o TomCat no Window->Preferences->Server->Installed Runtimes, e de correr o projecto com sucesso no "Gato do Tom", passado algum tempo (sim, não é um mito, o software degrada-se...) o projecto ao compilar começou a dar um erro muito engraçado: Target runtime Apache Tomcat v5.5 is not defined.
Bem indo às propriedades do projecto, na parte do Server, ele estava lá. Contudo a mensagem aparecia na mesma. Depois de pesquisar na net por uma solução, nada encontrei que me ajudasse.
Fiz umas pesquisas na máquina local por "Gato do Tom" nos ficheiros do projecto e encontrei 2 entradas nos seguintes ficheiros:
- org.eclipse.jst.common.project.facet.core.prefs
- org.eclipse.wst.common.project.facet.core.xml
O erro desapareceu. É caso para dizer... "Aqui à Gato (do Tom)!".